In Design cs6でPDFを書き出したときに英語の一部が文字化けする

はじめて、質問をします。

内容は、In Design cs6でPDFを書き出したときに英語の一部が文字化けしてしまうことです。

作業環境や今迄の経過など分かる範囲で書いています。問題の再現ができないのが問題で、対処の仕方が分かりません。

損害も出ているので原因と対処（今後同じことが起こらないため）の方法等、教えていただけますか、

よろしくお願いします。

作業環境と経過

ハード／Mac OS X 10.6.8

ソフト／In Design cs6

仕様フォント／Times New Roman Bold、Times New Roman Bold Italic、Times New Roman Regular、Times New Roman Italic、A-OTF リュウミンPro L-KL

経過／

数年間、同じフォント、ソフト、マシンでDTP作業をし、同じ手順でPDF変換作業してきましたが今回の様なことは起こりませんでした。

他で調べた結果は以下の通りと説明がありましたが、納得できません。

原因／

PDF変換時にPDF内のフォントが破壊されたと考えられます。確実な原因不明ですが、考えられる要素としまして突発的な「予期せぬエラー」が原因ではない　　　かと考えられます。

検証／

独自に、今回の問題を起こしたIn Designのデータで同じ変換作業でPDFを作成し、文字化けが起こるか検証しました。

検証回数、印刷用（２回）、確認用（１回）、合計３回

問題が起こったPDFと同じ手順で検証用PDFを作成しました。

印刷用PDF作成フォーマットと確認用PDF作成フォーマットを使用しています。

また、いままでの報告書も同じ手順（印刷用PDF作成フォーマット）で作成していました。

検証の結果は問題の発生が確認できませんでした。再現できません。