InDesign（2021）をPDFに書き出すと一部が表示されない

メモリ不足、ということはないでしょうか。

単体で問題がないとなると、ページ数に対してメモリ量が不足している可能性はありえます。

OS再起動後などで比較的メモリ状態がクリーンな状況で確認してみる方法もあるかもしれません。

ただ、InDesign Ver.16がmacOS 12に正式対応していたかどうか、というのもあります。

（公式ヘルプから消えていますが、手元の情報だと対応から外れている状態になっています）

macOS 12もサポート終了済み、InDesign Ver.16（厳密には18以下）も通常なら再インストール不可、ということもあるので、そのあたりの見直しも必要になってきそうです。

「インデックス」はマスターページ（現 親ページ）のオブジェクトですよね。

旧バージョンから使い回しているinddでしょうか？

唯一の対処方法はidmlに書き出すくらいで、直ったらラッキーといったところでしょうか。