InDesign2021のPDF書き出し中の操作について

InDesign（16.0.1）を使用しています。

現在一部差替のAデータとBデータを作成するため

「ベース（共通部分）のレイヤー」と差替部分の「A用レイヤー」・「B用レイヤー」を作り

表示・非表示を操作してそれぞれ別名で2つのPDF書き出しを行っています。

ただ、データの書き出しに時間がかかるため、

Aデータの書き出し実行中に同時進行でBデータのPDFデータも書き出したいのですが、
Aデータが書き出し実行開始時に選択していたレイヤーのみでちゃんと書き出されるのか知りたいです。

一応検証してみて実行開始時の表示レイヤーのみで書き出されているようですが

ページ数が多いため不具合があっても見落としそうで不安なため質問させていただきました。

やはりAデータの書き出しが終わるのを待ってから操作したほうが良いのでしょうか。