InDesignに配置したPDFの絵柄が抜けてしまった。

まず、assauseさんのご指摘もごもっともです。古い機種に対してOSアップグレードを重ねての端末というのはストレージやメモリの搭載量等がOSが要求するレベルに合わないという事もありえます。最新のOSというのは現状入手できるハードウェアに合わせた最適化が行われるものです。ストレージにしても数年前と現在では容量やアクセス速度等もそれなりに向上しています。ロールモデルとの違いの影響は処理の遅延という形になって生じる場合もあります。とりあえずはローカルのストレージの健全性の確認、実際の運用状況でのメモリの帯域の推移等の確認も必要かもしれません。
PDFレイヤーの場合、InDesign側でのオプションの影響も考えないといけないんですが、経緯から推察するに再現性はないでしょうから書き出されたPDFファイルを最終の状態に更新できていなかった。もしくは何らかの内部エラーの影響でPDFが正常に読み取れていなかったといったところではないかと思います。これはテンポラリに展開されているキャッシュや実メモリの利用状況による影響なども考えられます。
こういった一過性のトラブルによる影響は特定が難しいです。やはり、Acrobat上でプリフライトによる検証等の確認作業は大事です。
ところで、InDesignから書き出したPDFを再度InDesignに配置してからの出力というところが気になります。後処理がTFやEQであれば面付けは基本そちらになるかと思います。ファイルフォーマットの変更を伴う工程の増加はリスクの上積みになります。InDesignの場合ネイティブファイル自体が配置可能です。そういった手段の利用も含め、ワークフロー自体の見直しも必要なのかもしれません。