INDデータをidml形式に保存すると内部的に何が起きているか

これ、完全な解説を行うにはそれなりの手間がかかるので適当な事を書きますが、IDMLというファイル形式はXML形式で記述された一種のマークアップ言語です。マークアップのベースになるのがInDesignのDocument Object Modelです。これはスクリプト等で扱われるものと同一のもので、バージョン間での差異が存在するためにIDMLを介したバージョンダウンにおいては100%完全な互換性というものはありません。仕様的なものは現在入手出来ませんが、各要素のオブジェクトの使用に関してはadobe.ioで入手可能なスクリプトリファレンスやInDesignSDKに含まれるドキュメントが参考になります。
InDesignがIDMLを書き出す際にはDOMを参照しながらXML形式で記述していきますが、その際にはバージョン間の互換性は考慮せず、DOMに従って忠実にデータを吐き出しているように思います。