pdfに書き出すと文字や画像が不特定に表示されません

• inddからのPDF書き出しでエラーが出る。
• リンクファイルをPDFにしてもエラーにならない。

この状況で最も可能性があるのは、inddファイルの破損でしょう。

どこかのテキストフレームやグラフィックフレームが破損していて、それを削除してみると直ることがあります。フレームを少しずつ削除し、どこが原因になっているのかを特定し、そこだけ作り直すのが通常の対策です。

場合によってはフレームを削除しただけでクラッシュすることがあり、そうなるとIDMLに書き出し、開き直してみるしかありません。IDMLにして開き直すとどこかが変化してしまう確率が高いので、確認は必須です。

それでもだめなら、最悪の事態なのであきらめて全部作り直すしかないでしょう。