pdfの墨消しでフレームが小さい透過画像だけ、透過部分が黒くなる

すいません、その内容で「墨消し」というのがわからないところです。
またそのプリセットだと、何か任意で作られたプリセットを読み込ませて選んでいる状態なのですが、その設定は誰が作成されたものでしょうか。
見えている限りの設定内容でいえばプリインストールされたプリセットの「PDF/X-4:2008 (日本)」でも変わらないとは思うので、そちらで書き出した場合の確認もしてみてください。

ちなみにその設定状態だと画像のダウンサンプル等につながりますから、もしそれを避けるとした場合、ダウンサンプルのない設定を別途で用意するなどが必要です。
これは出力の手引きPDFあたりも読まれることをおすすめします。