PDFを作成した時に文字化け、文字抜けが起こるのはなぜでしょうか?

「今まで」のバージョンはいくつの物だったのでしょうか？

「今まで」と「現在」で異なるのはInDesignだけですか？ お使いのOSも新しくなったのでは？

どんなフォントでも関係なく大量に化けたり抜けたりするのでしょうか？　特定のフォントだけですか？

PDFの確認方法は？　PDFの規格によってはOS付属のビューアーでは正しく見られない事もあります。

…などを明確にお知らせいただければ、解決に役立つ回答がつくのでは。