Publish Onlineから書き出すと生成物が左から開始される

先頭の扉のページを右から、つまり見開きから開始したいということでしょうか？

それでしたらInDesignデータそのものを見開き始まりで作れば可能です。ページパネルのオプションで「ドキュメントページの移動を許可」のチェックを外した状態で、最初の見開きの右ページにページ番号1を振ります。

ただこれはちょっと例外的な作り方で、縦組みのファイルが左ページ始まりなのはごく普通のことです。Kakashi1975さんの意図がよく分かりませんので的外れなアドバイスかもしれません。