San Franciscoの日本語フォントだけ伏字になるバグ

akatsuki_pocketさんの回答通りです。

一般の方々が使うエディタやワープロソフトなどでは、文字化けをしないように、そのフォントにない文字を別のフォントで代替表示する「フォントフォールバック機能」が自動的にはたらきます。

InDesignやIllustratorは、プロフェッショナル用グラフィックデザインアプリなので、文字化けはユーザーが自分で直すのが原則です。自動的に他のフォントで代替表示されてしまうと、それに気づかずかえって事故になってしまう可能性があります。事故を防ぐために伏字（豆腐）になった方がよいのです。