イラストレータでレイヤー分けしたデータが配置できない

このスクリプトを試してみてみるとどうでしょうか。

リンク更新を解決

最初にうるさいことを言うようで申し訳ありませんが、

フォーラムは、質問した→誰かが教えてくれた→よかった　という使い方のほか、

抱えた問題と同様の事例を検索して解決法に行き着く、という使い方もあるので、

投稿時のトピック（キーワード）のうち、不要と思われるものはこちらでオフにさせていただきました。あしからずご了承ください。

また、バージョン固有の不具合の可能性もあるため、

テンプレートに沿って使用バージョン、OSなどの情報は記載いただきたいです。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎

不具合を疑うなら、InDesignとIllustratorそれぞれのバージョンが情報として必要です。

以下ご質問の件ですが、

Illustratorでページ分けしてInDesignに1ページずつ配置するには、

一般にはレイヤーではなくマルチアートボードを使用します。

こんなかんじです。

それで、InDesignに各ページを配置する際は読み込みオプションで何ページ目かを指定しながら1回ずつ行うこととなります。

3ページなら3回。

おっしゃる通りのレイヤーでの運用も確かに可能ですが、

あまり一般的とはいえません。

読み込みオプションでレイヤーの目玉をポチポチするのがかなりの手間だからです。

・今回、本当にレイヤーで分けたのでしょうか？

・InDesign上で、配置したものが見えていない状態でオーバープリントプレビューしても何も見えないでしょうか？

・リンクパネル上でサムネイル（ちっちゃい絵柄）は見えていますか？

IllustratorのドキュメントをInDesignに配置する際、配置コマンドのダイアログで「読み込みオプションを表示」にチェックを入れて、読み込むレイヤーを指定します。

また、念のため、Illustratorのドキュメントの保存時に「PDF互換ファイルを作成」にチェックが入っているかもご確認下さい。