インデザイン2025で、パッケージしたら、合成フォントが認識されない

InDesign 2025ですと、細かいバージョンの違いによってパッケージの機能が異なります。

ですから、細かいバージョンまでお知らせください。また、WindowsとMacで挙動が異なる可能性があるので、OSの種類とバージョンも必須です。

細かいバージョンの違いについては、次のスレッドで検証されています。

InDesign2025でパッケージ…を行うと和文フォントまでコピーされるのは仕様変更？

InDesign 2025ではフォントのライセンスでコピー不可のフォントも収集されてしまう可能性があるので、パッケージする際はフォントの収集を行わない方が余計なトラブルに巻き込まれません（場合によってはフォントメーカーからライセンス違反を指摘される可能性があります）。

すでにフォントを収集している場合は「Document Fonts」フォルダを削除するか、その中の日本語フォントおよび合成フォントを削除してください。

（日本語フォントおよび合成フォントを削除することで文字化けが解消されるかもしれません）

なお、私の環境（Windows 10 22H2およびInDesign 2025（バージョン20.4.1））で簡単なテストを行ってみましたが、フォントを収集した場合でも文字化けは発生しませんでした。

そのため、個別の環境の問題か、特定のフォントに起因する可能性があります。特定のフォントに起因すると思われた場合は合成フォントの設定画面のキャプチャ画像を添付してもらえば、そのフォントを持っている人が追試できます。