インデザインから作成されたPDFに意図としない絵柄が表示された。

リンクの更新オプションが「PDFのレイヤー表示を有効」でなく「InDesignでのレイヤー表示を有効」になっているからではありませんか？デフォルトは後者ですから、変更しなければPDFのレイヤー状態は反映しません。これはInDesignの仕様です。

以下の「他のアドビファイルの挿入」にリンクの更新オプションを必要に応じて選択するようにと記載されています。

https://helpx.adobe.com/jp/indesign/using/placing-graphics.html

既に類似の投稿されているものはリンクがPDFでしたので、PDFを例に説明しますがaiでも配置されるのはPDFの部分なので同じ事です。

このレイヤーオーバーライドについては、リンクパネルとプリフライトを設定する事でトラブルを防ぐ事が可能です。

また、PDFを配置するのであれば書き出す際にAcrobatレイヤーを含めないのも有効な方法です。

今回の原因かどうかは分かりませんが、オブジェクトレイヤーオプションの仕様を説明しておきます。

aiファイル（またはPDFレイヤーがあるPDFファイル）のリンク配置で、最初の配置時とリンク更新時とでは、リンクファイルのレイヤー表示／非表示の反映の仕方が異なります。

最初の配置時

リンクファイルのレイヤー表示／非表示がそのまま反映されます。

そして、この時点でオブジェクトレイヤーオプションのリンク更新の設定が「InDesignのレイヤー表示を有効」に強制的に確定となります。

リンク更新時

リンクファイルのレイヤー表示／非表示を変更して、リンク更新した場合、リンクファイルのレイヤー表示／非表示はinddに反映されません。

リンク更新の設定が「InDesignのレイヤー表示を有効」であるのが理由です。この設定は、リンク更新してもオブジェクトレイヤーオプションでの表示／非表示を維持するものです。

この状態でリンクファイルのレイヤー表示／非表示を反映するには、リンク更新の設定を「PDFレイヤーの表示を有効」に変更するしかありません。

追記

フレームを選択して実行すると「PDFレイヤーの表示を有効」に変更するスクリプト

monokano/リンク更新を解決.jsx 

リンク更新時に自動的に「PDFレイヤーの表示を有効」に変更するスクリプト

「startup scripts」フォルダに入れて使います。

「Startup Scriptでの配置のevent Listenerの処理エラーについて」の正解投稿

イラレから[illustlator初期設定]でPDFデータを作成し、インデザインにPDFを配置した際にイラレ上では非表示にしてあるレイヤーがインデザイン上では表示されてしまい、インデザインからx1a形式でPDF作成しても、そのまま表示された状態で作成されていました。

インデザインで同じデータを再リンクすると正常な表示に戻りましたが、何が原因でイラレ上では非表示レイヤーがインデザインでは表示されたのでしょうか？

（何回か同じ環境、同じ手順で作業を行いましたが、不具合が起こった時の表示が再現できないので困っております。）

イラストレーターのバージョンはwinの27.7でインデザインはwinの 18.4です。

　[2つのスレッドを統合しました｜モデレータ]

aiファイル側に原因がありますね。

Illustratorの環境設定「ファイル管理」で「バックグラウンドで保存」「バックグラウンドで書き出し」をチェックOFFにしてから、aiファイルを別名保存してみてください。

同様の意図としない表示を何度も再現しようとしましたが、何度検証してもオブジェクトレイヤーの表示は正しく読み込んで再現する事ができません。

追記ですが、作業の流れは、１回目のデータを貼り込んだ時は正常に表示されましたが、修正が入りイラレから再度データ作成し、インデザインに貼り込んだ所、イラレで非表示にしているはずの絵柄が表示された状態になりました。