オーバープリントの設定について

【環境】

Illustrator CC 2015

InDesign CC 2017

Windows 10

印刷工場より届いた印刷見本で不具合があり、オーバープリントの設定が原因のようなのですが、解決方法がわからずにいます。

ご教示お願いいたします。

【状況】

・PDFでは一見問題ないように見えましたが（下記①）、オーバープリントプレビューをするとイラストの白の塗りの文字「1」が消えています（下記②）。

・このepsをIllustratorで確認したところ、オーバープリントは設定されていません。（下記③）

・Illustratorオーバープリントプレビューをしても問題がなく、InDesignでオーバープリントプレビューをすると消えてしまいます。（下記④）

・同じepsを同じinddファイルの中で繰り返し使用（リンクで配置）していますが、「1」が消えてしまうのは一か所だけです。

・InDesignの［効果］で［グループの抜き］にチェックを入れると、「1」が表示されました。きちんと表示されているところでは、チェックを入れても入れなくて変化はありません。

【質問】

・考えられる原因と、IllustratorあるいはInDesignでどのような修正を行ったらよいかご教示ください。

・このepsは表（グラフィックセル）に挿入してあるのですが、この問題と関係あるでしょうか？

・問題が起きている箇所に対して、手動で何か設定を変えた記憶はないのですが、知らないうちにこのような問題が起こることはよくあるのでしょうか？

①PDF通常表示

②PDFオーバープリントプレビュー（刷りあがった印刷物も同じ状態）

③Illustratorの［属性］とオーバープリントプレビューした状態

④InDesignの［プリント属性］とオーバープリントプレビューした状態

以上です。よろしくお願いいたします。