ショートカットは修飾キーなしでも登録／動作する

少し確認してみました。スタイルに当てられたショートカットはドキュメント自身に保存されますのでIDMLに書き出すとXMLとして取り出すことが出来ます。
そこで見てみると…

ExtendedKeyboardShortcutは３つの引数を取りますが、1つ目がモディファイアキー、2つ目が対象キーのAsciiコードの10進数表記となります。ということで、ショートカットとしてはキー単体で登録されて活きている状態ですね。これを登録してしまうとaltやoptionなどを付加したショートカットを上書きした上で再度外す等の回りくどい処理が必要になります。

実運用上、インライン入力を阻害する装飾キーを伴わないショートカットを設定するという事を想定していないのでしょう。しかしながら、登録できてしまうというのは問題ですのでhttps://indesign.uservoice.comの方で報告をお願いします。多くは英語で書かれていますが日本語で投稿してもOKです。こちらのコミュニティはユーザーコミュニティですからフィードバックになりません。