スペルチェックで表示された波線をPDFに書き出す方法ありますか？

残念ながら標準では用意されていません。

本来はスペルチェックはその場で修正することを踏まえての機能と言えるからです。

（このあたりは同様の機能を持つソフトは原則同じ考えです）

ただし同様の疑問を持たれることは昔からありました。

InD-Boardのほうで過去に同様の件があり、プラグインを使っての解消はありました、が、

現在でも有効かどうかというと少々不透明です。

https://dtp-bbs.com/indesignbbs/archives/8205_20140513160847.html

もし数が少ないなら、複製してチェックした後に該当部分を手作業で下線などを入れるなどの

対応をするなどの検討も必要かもしれません。