ドキュメントのサイズが設定と違う

そのInDesignドキュメントのプリントダイアログの「拡大・縮小」で拡大されていたりしませんか？

「拡大された用紙を94.5％に縮小」はプリントされたものを縮小コピーしたものですか？　まず、確認するべきは本当にドキュメントサイズがB4となっているかどうかです。ドキュメント自体が257×364のサイズとなっているかどうか。そして、PDFをAcrobatで開いてメニューをファイル→プロパティとたどって開くダイアログの「文書のプロパティ」項目にある「ページサイズ」が257×364となっているかどうかを見ます。これらが意図したとおりの寸法になっているならプリント時の設定の問題で拡大されていると考えられますのでBarbBinderさんが言及しているようにPDFをプリントするときに利用しているアプリケーション（AcrobatDC?）側のプリント設定の問題だと思われます。
以下に示すのは日本語版AcrobatDCでのプリンターダイアログの例です。ドライバーによって異なるとは思いますが、このダイアログにあるようにページサイズ指定を実際のサイズとしてプリントを行います。

When you print the PDF from Acrobat or Reader, change File > Print > Page Size & Handling to Actual Size.

~Barb