大雑把な結論でいえば「一般的な各種フォントのエンドユーザーライセンス契約(EULA)に順じた処理」と言えるのだと思います。
欧文フォントはご推察のように、多くのライセンスで出力用途のみであれば添付してかまわない、というEULAになっていることが多いので、その件を鑑みて収集を行っているのでしょう。
しかし日本語フォントの場合は、逆にほとんどの場合で出力も含め、権利所有以外の第三者への利用を一時的であっても認めていないことが多いため、収集も行わない、ということになっているのだと思います。
もちろん、実際には各フォントでEULAは異なるはずなので、欧文フォントであっても必ずしも出力のための添付が許されるわけではありません。
そのため実際にはパッケージした後に本当にライセンスとして問題がないかは、その作業者が必ず確認しなければなりません。
(作業者も正当なライセンス権利を持ち、EULAを承諾の上で利用しているはずですから、そこに準じるのはきわめて自然な話と言えます)
なお欧文フォントでも、Adobe Fonts分は収集されません。
同じバージョンであれば相手先も同期ができるはずですから、収集する意味がない、ということが理由だろうと思います。
全体的なフローを考えると、ネイティブファイルで出力先に渡すこと自体が今やリスクのうちですから、フォントエンベッドをしたPDF/Xにするのが現状としては最も適切ともいえるところです。