ファイルデータのコピー作成方法について

どのように「共同編集」していましたか？詳しく書いてください。

InDesignのバージョンは先方・こちらで同じなのかもお願いします。

お二方が書いているようにInDesignだけでなく周りの環境の話になります。

現状の環境ややり方を書いて頂かないと、抱えている問題の解決に繋がりませんので、詳細にお願いします。

現在の状態を丸ごと複製しておいておきたいのだったら、「パッケージ」を行うといいでしょう。

このとき、InDesign内に貼ってある画像も一緒に複製されて収集されますが、Illustrator画像の場合、それに貼ってあるPhotoshopデータがありますと、貼ってあるものに貼ってあるものまでは集められないので、手作業で取っておかなければなりませんから注意してください。

https://www.adobe.com/jp/learn/indesign/web/package-data-print?learnIn=1&locale=ja

1回複製するのは上記の方法で良いのですが、Macをお使いであれば、外付けのHDDを用意されるなどして、TimeMachineを設定してバックアップを作っておくといいでしょう。
また、共同編集していたファイルがクラッシュして壊れたということですが、これを回避するためには、サーバー上のファイルをいきなり編集するのではなく、一度自分のMacのSSDなどにコピーして編集し、編集し終わったものをサーバーに戻すようにすると良いと思います。

そうすれば、もし壊れてしまっても、サーバー上の元ファイルの状態までは戻れます。

ただし、サーバー上のファイルを共同編集している場合は、多くの場合、サーバーを管理している人や、運用の仕方を決めている人がいて、何らかの決まりがあると思います。その決まりを確認して、決まりを守るようにしてください。そうしないと共同で仕事をしている場合は何らかの弊害が起きてくると思います。

InDesign無関係に、macOSでファイル操作する場合はFinderでの操作になります。

ファイルやフォルダをコピーする場合、optionキーをドラッグしながら移動させるとコピー（複製）になります。

それ以外でもCommand+C→Command+Vでも可能です。

同じ場所でコピーする場合は、右クリック→複製を使うこともできます。

（同じ場所に行う場合は、ファイルやフォルダに「のコピー」などの名称が付与されます）