何もしてないのに配置aiがリンク切れになる

どこに保存しているaiファイルでしょうか。

ローカルに保存した状態のファイルでもそれが起きるかどうか、というのがあったりします。

複数台の同一環境となると、NASを含むファイルサーバーを利用している可能性もありそうですけど、その場合はベストエフォート扱いになっています。

オンラインストレージや外部ストレージ上のファイルの編集

MacでInDesign 2025ということになりますと、現在、次の問題が発生しているため、使用している人はほぼいません。

【10/17更新】InDesign 2025(20.0)起動後に一部のPDFプリセットが消える問題について

これは起動しただけでPDF書き出しプリセットを削除するため、共通で使用しているInDesign 2024以前のバージョンやAcrobatも使えなくなるという凶悪なものです。

大変申し訳ないのですが、それゆえに日本では検証できる人がほぼいないという状況です。2024（19.5）をインストールして確認されるか、修正版が出て検証できるようになるまで返事を待つということになりそうです。