変換して出てこない漢字について

ベストは外字フォントにすることです。

フォント作成アプリは、こちらが使いやすいでしょう（安価ですし）。

Type Project オンラインショップ / DropType

次善の策は、

1. Illustratorで作字をする。アートボードサイズは文字サイズと同じ。作字した字形はアートボードの天地センターに置く。
2. .aiファイルで保存する。.epsは不可。
3. inddに配置する。そのときに読み込みオプションでトリミングを「トンボ」にする。
4. 配置したフレームを選択し、メニューバー［オブジェクト > オブジェクトサイズの調整 > フレームを内容に合わせる］を実行しておくとより確実でしょう。

これで「文字サイズの正方形＝aiのアートボードサイズ＝inddのフレームのサイズ」のアンカー付きオブジェクトができます。