奇数ページのみローカルオーバーライドの削除がファイルのすべてのページに適用されたときに考えられることは？

同じマスターページを再度適用したというのが一番可能性がありそうだと思いました。

どういうことかというと、A-マスターをローカルオーバーライドで書き換えたページに再度「マスターページを適用」でA-マスターを適用するとオーバーライドはリセットさせるということです。A→B→Aというように一度別のマスターに変えるとオーバーライドしたオブジェクトは残ります。

monokanoさんの「選択部分をマスターページから分離」をしたオブジェクトにはこの現象は起こりません。

一番気になるのが、3番目が本当に行われていたかどうかです。

これを行うとしたらIDML形式に書き出しを行ってから展開になりますが、

それを行ったうえで旧バージョンで開いた場合の展開再現性は確実性を保証していませんから、

IDMLにした時点、または開いた時点で結果が変わっている場合があります。

InDesignの場合は基本個々のバージョン固有に処理・動作になることがあるので、

バージョンの展開だけは厳密に考えて対応するしかないところです。