ＣＳ6でのリンクの再設定について

CS6を使用しています。
画像配置のスクリプトを使って、Ａ4にPDFを配置したインデザインデータがあります。
それを使い、新しいPDFデータと差し替えたいのですが、リンクの再設定をすると、画像のサイズが100％ではなく、99.9630437965875％という表示になってしまいます。（フレームは100％）
［環境設定］－［ファイル管理］－［再リンク時にサイズを保持］にはなっています。
再設定で、画像サイズが変更されない方法はありますか。どこかの設定が間違っているのでしょうか。
ご教示いただけますと幸いです。