MEにAAFが読み込めない

私も、Windows 10環境のAdobe Media Encoder v23.4（つい先ほどアップデートしたばかり）で試してみましたが、AAFファイルは読み込みできませんでした。

おっしゃる通り、アドビの公式マニュアルでは「AAF」の読み込みに対応しているとありますが、これは間違いか、特定の条件のもののみ読み込めるといったことではないかと思います。

釈迦に説法になってしまうかもしれないのですが、AAFは複数のトラックの構造を維持したまま編集データ等をやりとりできるものなので、仮にMedia Encoderで読み込みできたとしても、できることは相当限られてくるかと思います。

Premiere ProではAAFを読み込むことができるはずですので、一旦Premiere Proに読み込ませていただくといかがでしょうか。