シーケンスをネイティヴ形式で読み込むのチェックが外せない

返信が遅くなってしまい申し訳ございません。

もう状況が変わっているかもしれませんが、

>46時間50分2秒から進まなくなり2日過ぎました

>パソコンも稼働している音がしていたのですが今は静かになってしまっています

このような状況ですと、内部の処理がフリーズしてしまっている可能性もありそうです。

Premiere Proが完全に固まっていなければ、「キャンセル」押下するとその時点までのファイルが出来上がるはずなのですが、フリーズしてしまっていると「キャンセル」ボタン自体も反応しない可能性もあり、これまでの経過時間を考えると非常に悩ましいところではございます。

もし今の時点でもまったく時間が進まない状態でしたら、キャンセルを押下してもよいタイミングではないかなと個人的には思います。

ここからは、一般論ではなくあくまでも私個人の考えなのですが、1時間の作品の書き出しに数日もかかる状況は、かなり大変なことだと思います。

>引きの場面をアフターエフェクトで拡大

この拡大を「アップスケール（ディテールを保持）エフェクト」で行われていることがレンダリング時間の増大を招いていると推測しているのですが、このエフェクトをやめて「バイキュービック」（参考URLAdobe Learn ）でレイヤーにて拡大にしていただくことも、検討の余地がありそうです。

時間がかかっても構わないので、現状のままで書き出しをされたい場合、最終的な用途によって書き出し形式に注意が必要になるのですが、シーケンス全体を一度に書き出すのではなく、5分ずつくらい（実際には映像の編集点があるところを区切りにして）イン点とアウト点を打って、書き出すという方法もあります。

1時間の作品に対して、残り102時間から残り46時間までは書き出しの動作をしていたようですので、1時間（60分）の10分の1以下である5分程度の書き出しであれば、順次成功する可能性が高いように思います。

小出しでうまく書き出せましたら、最後に作品全体（冒頭からラストまで）の音声を「WAV」で書き出しします（理由は後述します。音だけなので、全体の書き出しでもさほど時間はかからないはずです）。

最後にそれらを新しいシーケンス上でつないで一本化して書き出す流れですが、小分けしたファイルを並べると音声のつなぎ目でノイズが出る可能性があるため、音声は別途書き出したWAVに置き換えます。

納期や優先すべきこともあるのではないかと思いますことと、もっと視野を広げますと、もしDドライブが外付けのものだった場合には接続方法やフォーマットは適切かどうか（遅いUSB2.0でつながっていたり、FAT32という1ファイル2GBの制限があるフォーマットになっていないか等々）といった調査も必要なようにも思います。

もしまだ状況が改善していないようでしたら、状況を詳しくお教えいただくことで解決のヒントになるかもしれない情報が見つかるかもしれないと思います。