クリップの不一致について

素材とシーケンス共に素材は1920*1080とのことですので、そのメッセージが出たということはフレームレートが異なるのだと思います。

映像編集を行う場合、まずは最終出力をどのように使うかによってメインのシーケンスの設定を決めます。例えばBlu-rayでしたら1920*1080で29.97fps（インターレスなしか奇数優先）か23.976fps（インターレースなし）のいずれかになりますので、その中から素材のフレームレートを考慮して決定します。

少々高度なテクニックですが、30.00fpsの素材が多いような場合には「フッテージを変換」という機能を使って29.97fpsに書き換える、といった作業をする場合もあります。

YouTubeなどWebで公開でしたらフレームレートの制限はゆるいので、使用する素材のうち一番割合の多いものや、一番高品質な素材の設定に合わせるなどの方法があります。

そのようなわけで、用途や素材の仕様、演出意図などによって最適な設定は異なります。したがいまして、

>また、上記メッセージが表示されたとき、どちらのボタンを押すのが正解なのでしょうか？

というご質問には、残念ながら「状況によります」としかお答えできないのです。

最初にシーケンス設定を、素材の仕様を考慮した上で用途に合わせて正しく設定しているという前提ですと、デフォルトで選択されている「現在の設定を維持」が正解となります。