ファイルの認識バグ

ファイルの種類（mp3などオーディオキャッシュが作成される類のものか、wavのようにキャッシュが作成されないものか、など）も気になるところでありますが、お書きいただいた内容を拝読する限り、バグの可能性が高いように思います。

二度手間になってしまうのですが、このページの右側（もしくは下部）に表示されている「トラブルシューティング・バグ・機能改善リクエスト」の「バグ報告はこちらから」というリンク先がバグの報告先になっているので、そちらにも併せてご投稿いただきますとしかるべき担当者の元に情報が届きやすくなるかと思います。

なお、バグの報告の際には詳細な情報が必要になりますため、お使いのPremiere ProのバージョンやOSの種類とそのバージョン、ファイルの種類といったこともお書き添えいただきますと、他の方々が再現テストをしやすくなりスムーズかと思います。

こちらに、バグレポートの書き方説明がございます。

How do I write a bug report? - Adobe Community - 13361863  

英語の説明ですが、下部の「Translate」から日本語を選んでいただきますと機械翻訳されます。

以下余談になりますが、私個人的には一つの作品内に同じファイル名の異なるファイルが存在することはNGにしておりまして、編集前の素材仕込みの時点で必ずリネームしてから扱うようにしています。

これは、今回のようなバグの対策というわけではなく、何かしらの理由（編集機の変更、他者への引き継ぎなどなど）で再リンクの操作が発生した際に、同名のファイルがあると誤リンクの危険が高まるためです。

AVCHDの素材（ファイル名の重複が起きやすい）が多かった時代には、結構この手のトラブルを見聞きしておりました。