追記です。
PEAKファイルが変わった根本原因がアップデート以外ないのですが、ダウングレードしても症状が変わらなかったです。
もし他に調べる部分があれば、ご教示いただければ嬉しいです。
>PEAKファイル自体は元々生成されるもので、今まではそれが全然別の場所に保存されていたのに、アップデートがきっかけで同じフォルダに生成されるようになってしまった、という解釈で良いでしょうか?
お書きいただいた内容を拝読する限り、タイミングと発生している現象から見ると表面上はそのように捉えられると思いますが、真の原因かどうかという意味では、断言はしにくいかと思います。
私の経験では、Premiere Proのアップデートで勝手にこの設定が変わったという記憶は無いのですが、念のため環境設定をご確認いただくといかがでしょうか。

赤丸で囲った部分の設定にチェックが入っていると、素材ファイルと同じフォルダに.pekファイルができます。チェックを外すと、メディアキャッシュファイルの保存場所で指定されているディレクトリに保存されるようになります。
>素材データが15時間分くらいの動画でして、同じフォルダにPEAKファイルがあるから重くなる、というのはありますでしょうか?
素材の保存場所が高速なSSDであれば、とくに気になるような速度低下は無いのではないかなと思います。HDDですと多少影響があるかもしれないのですが、私自身pekファイルの保存場所の違いを検証したことがないため、正直なところ分からないです。
キャッシュファイルはシステムや素材(メディア)の保存とは別の高速なドライブに保存されることが推奨されていますが(ご参考URL Premiere Pro および After Effects の推奨ハードウェア )、例えば高速なドライブがシステム用と素材保存用の2つしかない場合には、素材と同じドライブにキャッシュを保存することも可能といったことが、上記リンク先に書かれています。
もし、システムのドライブが高速なSSDで、素材を保存しているドライブがHDDの場合には、キャッシュはシステムのトライブにした方が良いかもしれません……。
今回のケースでは、「Premiere Proのアップデート後にプレミアプロが頻繁に強制終了するようになった」というトラブルともとらえられるので、一般的な対処法である環境設定初期化と、メディアキャッシュの全削除も試してみる価値があるのではないかなと思います。
【トラブルシューティング】Premiere Proの環境設定初期化方法 - Adobe Community - 14087098
Premiere Pro でメディアキャッシュを消去する方法
また、細かい手順などOSによって異なることもありますので、できればお使いの環境について詳しくお書きいただけますとよいのではないかなと思います。
【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Community - 11369772