マイスタイルを適用するとフォントが小さくなる

もう少し詳しい情報がありますと、返信がつきやすくなるのではないかなと思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Community - 11369772  

今回のようなケースの場合、個人情報など公開してはいけない部分が写らぬようご配慮いただきつつ、サイズが異なって見えることが分かり、スケールなどの設定状況がわかるスクリーンショットがありますと、より皆さんに状況が伝わりやすくなると思います。

ざっと思いつく基本的なところでは、「テロップデザインを作成」したシーケンスのフレームサイズと、「マイスタイルを反映させて目視で小さく見えるよになる」シーケンスのフレームサイズは、同一になっていますでしょうか。

たとえば、1280×720のシーケンスでフォントサイズ100としたものと、1920×1080のシーケンスでフォントサイズ100としたものを比べると後者の方が小さく見え、1280×720のシーケンスでのフォントサイズ66に相当するサイズ感になるかと思います。