出力すると、動画素材のUltraキーで設定したカラー補正が適用されていない

WIndows 10で動かしているPremiere Pro v24.6.0でざっくり試した限りでは症状を再現させることができず、原因や回避策はわかりませんものの、お書きいただいた状況からは操作や設定の問題ではなく、何らかの不具合が発生している可能性が高いと思います。

特定のバージョンやハードウェアの組み合わせで発生する可能性も踏まえつつ、症状が出る環境の特定のため、お使いのOSとそのバージョン、Prmeiere Proのバージョン、Ultraキーと共に使用しているエフェクトがあればその種類など、詳しい情報をお書き添えいただけますと、他の方々も追加検証がしやすくなると思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Community - 11369772  

解決法というよりは原因究明のための足掛かりといった方法なのですが、もし現在Media Encoderにキューを送って書き出しされてましたら、Premiere Proから直接書き出して頂く方法をお試しいただいたり、新しいプロジェクトを作成して適当な素材を一つだけ読み込んでタイムラインに乗せて、Ultraキーだけを入れた単純なシーケンスの書き出しでも症状が出るか否かご確認いただくといったことも、お時間に余裕がございましたら試す価値があると思います。

もうひとつ、こちらも回避につながるか未知数ではありますものの、「プロジェクト設定」の「レンダラー」を「ソフトウェア処理」にして試してみることも、原因の切り分けにつながると思います。

（AppleシリコンのMacでは使えない方法です。）