「copy.xd」ファイルとは何なのか知りたい

copy.xd自体はその名の通り作業を行ったドキュメントのコピーではないかと思います。このあたりのシステム側の事については細かい仕様が公開されていません。
恐らくキャッシュ的な利用だと思われますので削除してもドキュメントには影響を与えないのではないかと思われます。もちろん推測の域を出ませんので整理する際は自己責任でということになります。

あと、クラウドドキュメントを利用しているとCloudToLocalMRUCacheというフォルダ内にドキュメントのコピーが保存されます。こちらも整理しても問題はないと思われます。

なんにせよ、システム側を操作するということになりますのでドキュメントのバックアップ等も行った上で試みるべきでしょう。