레이어 병합 없이 그레이스케일 변환하면 모양이 바뀝니다.

일단 레이어 두개중에 하단의 Paper 레이어는 흰색의 배경이고 Folder9의 레이어가 그림 레이어로 확인이 되는데

해당 그림레이어를 보고 유추할 수 있는 점은 비행기 주변에 해당 모양대로 비행기를 자르고 주변 배경의 투명도만 낮춘것 같습니다. 

그걸 알 수 있는 부분은 뒷배경 Paper레이어 눈을 그고 해당 Folder9의 레이어를 복사를 여러번 하면 지금 처럼 원래 레이어의 색이 보여지는것을 확인 할 수 있습니다.

이건 자연스러운 현상이 맞는것 같습니다. 

비행기의 누끼를 비행기 테두리로 땄으면 문제가 없었을것 같습니다. 

일단 비행기를 자르고 주변의 배경만 투명도를 낮추면 당연히 색상에서부터 이미 차이가 발생할 수밖에 없습니다. 

비행기를 선대로 한번 테두리 모양을 만들어서 누끼를 따고 배경의 투명도를 낮추면 좀더 자연스럽게 회색음영 병합이 될것 같네요.