セキュリティ（拡張）の設定での機能制限について

保護ビューというのはPDF自体を環境から切り離した状態のサンドボックス内で操作し、万が一不審な動作が生じた場合でも端末のシステムなどに影響を与えない為のものです。
PDFというファイルフォーマットはマルチメディアコンテンツやスクリプト等を内包可能です。それらが悪意を持って作成されセキュリティーホールを突いて端末へ悪影響を与えるという可能性も否定できないためにこういった機能が用意され、出自が不明なPDFファイルを取り扱うために利用されます。
拡張セキュリティでは信頼済みでないPDFを操作する際にインタラクティブ機能やスクリプトが保護された領域へのファイルアクセスやネットワークアクセス等のアクティビティを検出した際にアラートが表示されユーザーに同意を求めます。
これらの設定に関しては不特定な外部から流入するファイルを日常的に取り扱う場合は設定した上で運用する方が安全だと言えるでしょう。
他方、自組織や信頼できる外部ユーザーからの文書が主だった書類であるのであれば、拡張セキュリティも外した状態でJavaScript及びマルチメディア機能を制限しておけば、おおよそは問題ないでしょう。
しかし、時折リリースされるアップデーターはセキュリティアップデートも含みますからできるだけ早く適用するようにした方がよいでしょう。