フレームの位置によって、「キーフレームを挿入」しているのに「空のキーフレームを挿入」したような動作になる

通常、「キーフレームを挿入(F6)」すると、そのレイヤーに置いてあるオブジェクトはそのままにキーフレームが生成されるので、タイムライン上のキーフレームのマークは黒丸（●）になるかと思います。

「空のキーフレームを挿入」だとオブジェクトが削除されるので白丸（○）になるかと思います。

現在、総フレーム数が2万フレーム弱という、タイムラインがやや長めのプロジェクトを制作しておりまして、この場合に上記と異なる動作になる場合があり、ちょっと困っています。

添付動画のように、16001フレーム目までは期待通りに動作するのですが、16002フレーム以降だと、「キーフレームを挿入」しているのに「空のキーフレームを挿入」したような動作になってしまいます。

この挙動は、他のレイヤーでも同様に発生し、また、時間スケール（時間軸ズーム）を変えたりしても解消されません。

さらに変なのが、挙動が「空のキーフレームを挿入」とまったく同じというわけではなく、

- タイムライン上では空のキーフレームに見える

- しかし、ステージ上のオブジェクトは削除されていない

- オブジェクトを移動させたりすることはできるが、移動の結果が反映されない（他のフレームに行って戻ってくると取り消されている）

- アルファの指定は反映され、クラシックトゥイーンを作成すると指定したとおりに動作する。この場合もやはりタイムライン上でのキーフレーム表示は白丸（○）のまま。

という挙動になっています。

プロジェクト特有の問題かもと思ったので新規プロジェクトを作って同じく16000フレーム付近の挙動を見てみましたところ、まったく同じ挙動となりました。

おそらくシーンを分割したりすべきなのでしょうが、すでに単一シーンを前提に組んできてしまっているので、今から分割というのは厳しく・・・。何か解決策などありましたらご教示ください。