製品：Adobe Creative Suite 6 Master CollectionのCS6を再インストール。その後以前と比べフォント数が減った。

CS6でインストールされるフォントについては下記が参考になります。

付属しているフォントには何がありますか（Photoshop CS6/Photoshop CS6 Extended）

付属しているフォントには何がありますか（Illustrator CS6）

Illustrator側を見るとわかりますが、自動的にインストールされるフォントとは別に、

インストーラーに付属していて、手動でインストールを行うフォントが含まれるので、

その分だけ異なる状態になります。

ただ、初期化以前に、市販フォントなどをインストールしていれば、

それらはCS6のインストールとは関係ないので、別途インストールしなおす必要があります。

なおCS6はWindows 10では動作保証していませんからご注意ください。