このファイルには以前のバージョンのillustratorで作成されたテキストが含まれていますと、毎回表示されます（更新して保存してもまた表示）

私もこの問題未だ解決しておらず。。。
当方、mac OS  Sequoia 15.2のillustrator29.1です。
質問者様はそのテキスト単位をポイントにしてますか？何度か試した結果ですが
①テキストボックスの上揃え
②級数単位はポイントを使用している
③10ptの場合のみ

で発生している感じがします。この10ptが9.9ptであったり10.1ptであると、現象が出なくなります。
困りますよね。。。改善されることを願います。

私も同じ状況になりました。
私の場合、データの中に文字の入っていない空のエリア文字オブジェクト、孤立点になったポイント文字オブジェクトが残っており、それらを全て削除したところ解決しました。
タイミングを逃したレスで既に解決済みかも知れませんがお役に立てば幸いです。

同様の症状で悩んでいましたが、とりあえずの応急処置方法を見つけましたので共有します。

ほかの方のこれまでの書き込みを拝見するかぎり、〈エリア内文字〉で症状が発生する場合がほとんどかと思いますので、以下は〈エリア内文字での解決方法〉となります。

（かならず解決するとは限りません。その点はご容赦ください）

　1）問題のあるファイルの複製ファイルを作り、それを開く（念のため）

　2）「このファイルには以前のバージョンのillustratorで作成されたテキストが含まれています…」と長い文章が書かれたウィンドウが表示される

　3）いちばん下に3つのボタンの左側〈変更を確認〉をクリックしてファイルを開く（〈更新〉ボタンではない）

　4）文字組み更新の対象としてハイライトされている文字エリアの〈外側(エリア)のパスのみ〉を〈Option (Alt)＋ダイレクト選択ツール〉で選択し、Command (Ctrl)＋Cする

　5）書類のどこでもいいので Command (Ctrl)＋V でペースト

　6）文字組み更新の対象としてハイライトされているエリア内の文字を、〈文字ツール〉を使ってすべて選択しコピー

　7）5）のパス内に〈エリア内文字ツール〉を使って文字をペーストし流し込む

　8）もとの〈エリア内文字〉と差し替える

以上の方法でファイルを開きなおすと、症状が解決しています。

ちょうど、エリア内文字の〈エリア〉を新しく作り直してあげるイメージです。

この方法だと、トラッキングやカーニングなどの文字組み設定をそのまま引き継ぐことができます。

また、ポイント文字でもまれに同じ症状が起こりますが、その場合は文字列を選択してから〈アピアランスを消去〉すると解決しました。

試してみてください。

【当方の環境】

Illustratorバージョン：2025（29.1）

macOS Sequoia 15.1.1

私も同じ状況に悩まされております。

該当のテキストを適当なところにコピーしておいて、テキストパネルの初期化をして、コピーしておいたテキストをスポイトで吸うというクソ面倒くさいことをすると出なくなります。

ただし、個別にトラッキングやカーニングなどをいろいろいじっている場合はほぼ使えないやり方です。

早く直してほしいです…

「過去バージョンで作成した」の、実際に作成・保存した時点のバージョンはわかるでしょうか。

どのような文字組かなどもあるのですが、再現性の確認としたら同様の作業を別データで実施しないといけないところです。

あとはファイル複製しておき、そのコピペしたテキスト周りを削除→別名保存→閉じて再度開いた場合にどうなるのか、も気になってしまうところです。