それまで何ともなかったサムネイルの色が変わってしまった

全然的外れでしたらすみません。

aiファイルをInDesignに配置したら、配置データが元のIllustratorで編集していた時と

色が変わってしまったということでしょうか？

かなり昔の話ですが、PhotoshopCS3で作成したモノクロ2階調のTIFFを

IllustratorCS5で配置して色付けして作成したら、印刷の時にデータがおかしくなってしまい

製版の人に「TIFFに色付けする時はバージョンを揃えるように」と

言われたことがあります。TIFFにIllustratorで色付けするのは

割とバグが起こりやすい印象です。

なので、TIFFデータが怪しい気がします。

一回TIFFデータをIllustrator又はInDesignと同じバージョンのPhotoshopで

保存し直したらもしかしたら直るかもしれません。

それでも直らなかったら、Illustratorで色を変えるのではなく

Photoshopで色を変える（チャンネルなどを利用してCMYKのどれかに特色を置き換える）

などで対応するのも手かなと思いました。

まず、サムネイルというのがどこの何を指しているのかが分からないと難しいですね。

>上記のようにサムネイルの状態で色が変化しているので色が変わったまま貼り込んだので、当然書き出すPDFも色は変わったままでした。

と、

>しかしaiをそのままPDFで書き出すと色はおかしくなりませんでした。

の関係もよく分かりません。

サムネイルが何を指しているのか、現状では誰にも伝わらないので、具体的な説明が必要でしょう。