スクリプトで消したスウォッチが復活する

削除したいスウォッチ群に共通する正規表現を用意しておき、
名前がマッチしたスウォッチを配列に入れる、

// 配列のスウォッチぜんぶ黒に（未実行）

削除用スウォッチ配列をループ
ドキュメントのスウォッチもループ、
名前が一緒ならスウォッチを削除

スウォッチの構成カラーを黒にする関数
K100のカラーオブジェクトを定義、
削除用スウォッチ配列をループ、
もしスウォッチがあれば（？） ←ないことってあるんでしょうか
   もしスウォッチがスポットカラー（グローバルカラー）なら
      スポットカラーの構成カラーをK100に
   ちがったら
      スウォッチの構成カラーをK100に
   もし スウォッチがスポットカラーでプロセスカラーなら
       スウォッチの構成カラーをスウォッチのスポットカラーの構成カラーに

というかんじですね。
削除のとこは単純に

function removeSwatch(ary) {
    for (var i = ary.length - 1; i >= 0; i--) {
        ary[i].remove();
    }
}

ではだめなんですかね。まあおいといて、

おそらく setBlack() のあとスポットカラー（グローバルカラー）が適用されたオブジェクトが残っているせいです。

グローバルカラーは、スウォッチパネルに登録されている必要がありまして。
スウォッチを削除しちゃえば一旦なくなるんですが、ドキュメント上のオブジェクトにそのグローバルカラーが使用されている場合、削除してはいけない物として自浄作用というか、まあ復活させられます。
対して、手でスウォッチを削除した場合、実際やってみるとわかりますが、そのスウォッチが適用されたオブジェクトをみると、グローバルじゃないカラーに自動で変換されているはずです。
 

setBlack(cSwatches);

をスキップした場合がこれにあたります。

結論として、setBlack() の中の

    if (swatch) {
        if (swatch.color.typename === "SpotColor") {
            swatch.color.spot.color = theCol;

がとてもあやしいです。
削除するスウォッチはすべて非グローバルカラーに変換してから削除するように直してみてください。
スポットカラーか否かの分岐などせず、

function setBlack(ary) {
    var theCol = new CMYKColor();
    theCol.cyan = 0;
    theCol.magenta = 0;
    theCol.yellow = 0;
    theCol.black = 100;

    for (var i = 0; i < ary.length; i++) {
        swatch.color = theCol;
    }
}

でいけるんじゃないかなあと想像してます。試していませんすみません。