同じフォルダのリンク切れ画像を一気に置換できない

開く前と開く後で、リンクファイルのファイル名はすべて変更してしまっているでしょうか。

もしその場合はすべて一つずつ再リンク処理が必要です。

ファイル名でリンク情報を持っているわけなので、変わってしまっていると自動処理は行えないですし、これはどのバージョンでも変わらないところです。

逆に、ファイル名の変更が一切ない場合、同一フォルダにaiファイルとリンク画像が配置されている場合、aiファイルを開いた時点で警告なく自動的にリンク処理はされます。

されないとしたら別の問題・要因などが想定されるところなのですが、OSバージョンや機種名、29.6.1を新規でインストールされた状態か、環境設定のリセットなどのトラブルシューティング確認をされているかどうかなどがあります。