見つからない字形を保護を有効にする　について

「見つからない字形を保護」とは、「指定したフォントに存在しない文字を別のフォントに変更して表示させる」ということです。日本版では「別のフォント＝小塚ゴシック」になります。

別のフォントで表示させる機能は、Webブラウザやワープロアプリでは一般的です。指定したフォントではなくても豆腐化けするより文字が表示された方が良いからです。これをフォントフォールバック機能といいます。

しかし、Illustratorはデザイン制作用アプリです。指定したフォントできちんと文字が表示されていることが必要とされます。それなのに勝手に（自動的に）小塚ゴシックに変更されると、そのことに気づかないまま進行してしまう危険があります。Illustratorでは、むしろ豆腐化けで「この文字はそのフォントで使えないのか」と気がついた方が良いわけです。

したがって、Illustratorでは「見つからない字形を保護」をOFFにするべきだといえるでしょう。