Além dos motivos da mensagem anterior, pode ser algum arquivo de link ou arquivo de fontes ruim.
1) Verifique se seus links estão atualizados;
2) Verifique se não há problema de fontes; no Type » Find/Replace Font...
Uma alternativa é fazer o "pacote" manualmente: a) no painel Links, selecione o(s) link(s), agora botão direito sobre o(s) links » "Copy Link(s) To...". Isso fará uma cópia onde você apontar, igual o comando "package". Dica: tente pegar todos os arquivos de link: se falhar tente pegar menos arquivos por vez: assim ou você copiará todos ou saberá qual esta falhando.
b) para as fontes vá em Type » Find/Replace Font" selecione a fonte e clique no botão "Reveal in Finder/Explorer" ele abre seu gerenciador de arquivos e vc pode copiar e colar na pasta de destiono.
Ps. Vale lembrar que fontes do Adobe Cloud e outras registradas não podem ser copiadas, nem via "Package", no Indesign, nem "Copia e cola" diretamente do arquivos no gerenciado de arquivos do seu sistema.