最新バージョンのAeからMeにキューの追加ができません

１回目はできたということですので、完全に動作していない状況ではなさそうですね。

私はあまりAeを使わないので知識も乏しいのですが、サードパーティのプラグインによってキューが送れないというケースもあるようです。

ちなみに、キューを送るとAeプロジェクトと同じディレクトリに[プロジェクト名]_AMEというフォルダーができて、その中に「tmpAEtoAMEProject-[コンポ名].aep」というファイルが出来上がってそれをAMEが読み込む流れのようなのですが、そのファイルはできていますでしょうか？

また、問題の切り分けのため、既に[プロジェクト名]_AMEというフォルダがありましたら（１回目の書き出し時にできていると思います）フォルダ名を少し変えて（_oldとつけるなど）、一応念のためパソコンを再起動してから再度お試しいただくといかがでしょうか。