グラデーションで消えていくようなやり方ができません。

長方形ツール選択した状態なのでマスク選択していてもシェイプが出来ちゃいますね。
グラデーションツールを選択してから試してみるといけるかと。場合によっては左上に表示されている「グラデーション」のところを「クラシックグラデーション」に切り替えたほうが操作しやすいかもしれません。

取り急ぎ、グラデーションツールに持ち替えたらオプションバーから「クラシックグラデーション」に切り替えれば選択レイヤー上に描画可能となります。

新しいグラデーションでもどうにかできるはずなんですが、後日検証ということで…