パターン背景の、塗りつぶしレイヤー[べた塗り]の色が反映されない

何度か読み返したのですが、状況が明確に把握できません。

ので、見当違いでしたらご容赦ください。

透明部分を含む新規のパターンスウォッチを定義し、レイヤー上に適用した（塗った）。

その透明部分に着色しようと思い、調整レイヤー［べた塗り］を作成した

で解釈は合っているでしょうか？

ここで用いた調整レイヤー［べた塗り］は、既存のレイヤーに着色するものではなく、それ自体が単独のレイヤーとなります。

「背景レイヤー」に着色するには、「べた塗り」を選択して「下のレイヤーと結合」。

「レイヤー1」の透明部分に着色するには、「レイヤー1」を選択して「下のレイヤーと結合」。

この方法では、いずれも下になっているレイヤーの名前が残ります。

ただ、結合してしまうと編集ができなくなるため、結合しないままで管理するのがよいかと思います。

目的と違うようでしたら、用語を整理されるか、スクリーンショットなどを添えて追記してみては。