レイヤーを統合すると色調が変わる

残念ながら調整レイヤーの仕様ではないかなぁと思います。

細かいテクスチャのあるものは、表示倍率によってレイヤーブレンド表示の内容が変わるようです。主に高速化のためだと思いますが。

ピクセル等倍の100%表示（または、倍率64%以上の表示）で見ながら統合すれば変わって見えないはずです。逆に言えば、調整レイヤーを使った補正では前記表示倍率以下では正しい状態で見えていません。

すみませんが、もう一度ピクセル等倍（cmd+opt+0）で統合してみて、本当に変わっているのかどうか確認して頂けますか。

それでも変わる、ということでしたらPhotoshopの再インストールやOSの新規ユーザ作成など基本的なトラブルシューティングから行って頂く必要があるかもしれません。

OS、バージョンがわからないので、あくまでもレイヤーパレットの状態と表示倍率から見た予想となりますが、表示倍率100％の状態で統合しても見た目が変わるのでしょうか？その際、数値の変化も確認してみてください。また、統合後の画像を乗せて非表示と表示を切り替えた際の変化はありますか？