不透明度について

基本的にPhotoshopは写真屋さんの暗室仕事をデジタルに置き換えるところから進化したアプリケーションです。暗室仕事ではフィルムから紙焼きの際に部分的に光を通さないマスクを当てて露光を調整し、マスク部分を変更し同様の処理を繰り返すことで画像の合成を行いました。
Photoshopはデジタル処理ですから、そういったマスク処理はアルファチャンネルを利用して行われます。基本の8bit/channelの画像であればこのマスクに利用されるチャンネルも256階調の濃度を持つことが可能で、不透明度が0~100％の間を256分割で制御可能になります。これがレイヤーマスクの仕組みですが、レイヤーに対する不透明度はこれが内部的に処理されていると考えれば良いでしょう。