複数のソースでバッチ処理

動画の機能を使ってみてはどうでしょう。

ファイルを開く時に、フォルダー内のファイルを１個選択して、オプションの「画像シーケンス」にチェックを入れると、一括で読み込まれます。

フォルダーごとに開いてから、ビデオグループのレイヤーを選択してコピーして、別のビデオの上にペーストして配置します。

レイヤーを「スマートオブジェクトに変換」してから、フィルターを適用すると全てのフレームに効果が出ます。

出力は、「ビデオをレンダリング」 を選ぶと下記のウィンドウが表示されるので、名称を入力して、「Photoshop画像シーケンス」を選択、その他設定ををして「レンダリング」ボタンを押すと、指定したフォルダーに連番で画像が作成されます。

0001で始まる場合は、「開始番号」を、０→１に変更して、フレームレートの30fpsは変更しないでください。

もし、アニメーションの制作が目的でしたら、After Effectsを利用すると複雑な作業でも対応できます。