透明度　100%に戻る

macOS 10.12.6 + Photoshop CS6 13.1.2（CCの最終バージョン）と Photoshop CS6 13.0.6（永続版の最終バージョン）で何回か確認してみましたが、そのような問題は1度もありませんでした。

環境設定の再作成やPhotoshopの再インストールなどで解決するかもしれませんが、当然保証できるものではありません。

-- silk-m

10.12で動作保証しているバージョンは現時点ではCC 2017のみですし、

CS6自体は個別アナウンスがあるように完全に動作保証外です。

Mac OS Sierra（10.12）のCS6製品への対応状況

CS6を使用されるのであれば、動作保証されている10.9までの利用にとどめましょう。

（それでもショートカットなどでのトラブルは起きます）

10.12であればCCへの移行が無難です。