Photoshop APIで取得したフォントサイズについて

ExtendScriptではsizeプロパティはUnitValueがつかわれていましたが、UXPではピクセル単位ですが基本的に72ppi時のフォントサイズとして設計されているようなので利用中の単位系によってはUI上で明示的に単位付の指定を行っても内部的に端数が保持されている場合があります。
72ppiで端数可ということで、実態としては72ppi時のpointなんで、必要なら丸め込みも考えるとよいのではないかと思います。

UXPですね。

ver.26のmacOSなんですけど

app.activeDocument.activeLayers[0].textItem.characterStyle.size;

でUIと同じ値が取れています。どのような構成のコードで処理しようとしているのか見せていただけませんか？

Photoshop APIという事でWebサービスの方ですか?

デスクトップ版のJavaScriptであれば、DOM上の扱いはpointなので内部的にはこちらの数値が正しいです。UIでのpx表示が丸め込まれている状態です。