PS シェイプのみが書き出し時表示されない

ありがとうございます（NDA的に問題があれば削除するのでお声がけください）

とりあえず原因はわかりました。

楕円形が見えていない書き出し結果を見比べてもらうと、斜めのグラデーションが狭くなっていますね。

直接の原因は、グラデーションの配置座標がおかしくなり不透明度100の領域で覆われてしまったせいでした。

グラデーションが変化した原因は、ちょっと不勉強で明確に表現できるかわかりませんが、

書き出し時に対象アートボードをもとにルーラー原点が変更されるのが原因と想像します。それによってグラデーションの開始・終了の座標が影響を受けてしまうようです。

書き出し前に、アートボード外のレイヤーをぜんぶ削除すると、事前に同じ現象を確認することができます。

最善とはいえなさそうですが回避策をひとつ。

・グラデーションレイヤーのすぐ下に新規の空レイヤー作成

・グラデーションレイヤーを選択して「下のレイヤーと結合」

今のところ、これしか思いつきませんでした。

アセット書き出しに精通している方から、もっとましな回答いただけるかもしれません。